Конкретно грамидин, видимо, можно применять (только непонятно насколько эффективно). Там вроде написано, что он усваивается до кишечника, поэтому микрофлоре он не повредит, в кровь не попадёт.
Устойчивость к нему не вырабатывается, так что все нормально.