Потому что в 4ой части ты играешь за Солид Снейка, персонажа первой и второй части. А на глазу у него не повязка, а прибор созданный Отаконом так называемый Снейк Ай.
Многие путают "Снейков".Биг Босс-он же Нэйкед Снейк,человек,солдат,потерял правый глаз от руки молодого Oцелота ,и носил повязку всю последующую жизнь.И есть его клоны,Солид Снейк ,глаза целые,в последней части на левом глазу носил прибор "Solid eye"(гаджет)...Второй клон Ликвид Снейк ,тоже глаза целые,ни повязок ни гаджетовне носил на глазах...И "Совершенный" клон Солидус Снейк,носил повязку как и Биг Босс.....Надеюсь не слишком запутанно объяснил)